Alle vier bis sechs Wochen finden in der Raphael-Schule Schulgottesdienste in der Elisabeth - Kirche in der unmittelbaren Nachbarschaft statt. Diese Gottesdienste werden stufenweise durch das Kollegium vorbereitet und richten sich abwechselnd an die jüngere, an die ältere oder die gesamte Schülerschaft und das dazugehörige Kollegium. Auch die Eltern sind zu allen Schulgottesdiensten mit eingeladen.
Die Gottesdienste werden konfessionsübergreifend durch einen oder zwei Geistliche begleitet und musikalisch von der Lehrer- oder Schulband unterstützt. Die Zusammenarbeit und Kommunikation mit den Geistlichen läuft sehr gut. Für die Schülerschaft aufbereitete und relevante Themen werden von ihnen angenommen und mit umgesetzt.
Für die ältere Schülerschaft finden regelmäßig Eucharistiefeiern statt.
Außerdem gibt es in jedem Schuljahr besondere Gottesdienste und Feiern. Dazu zählen der Einschulungs- und der Entlassgottesdienst, ein Open-Air-Gottesdienst auf dem Außengelände der Schule sowie einmal im Jahr die Abrahamsfeier, bei der neben den beiden christlichen Geistlichen auch ein Hodscha teilnimmt. So feiern und beten Christen und Muslime in der Schulgemeinde an diesem Tag gemeinsam.
Darüber hinaus finden im Rahmen des Kommunions-, Firm- und Konfirmandenunterricht weitere integrativ gestaltete Gottesdienste und Feiern für die jeweils teilnehmenden Schülerinnen und Schüler und ihre Familien statt.
